С ро­стом вла­сти и ав­то­ри­те­та мос­ков­ских кня­зей обост­ря­ют­ся их от­но­ше­ния с цер­ков­ной вла­стью. Еще Дмит­рий Дон­ской пы­тал­ся кон­тро­ли­ро­вать цер­ков­ные долж­но­сти и на­вя­зать кан­ди­да­ту­ру сво­е­го став­лен­ни­ка на долж­ность мит­ро­по­ли­та (Митяй), что ведет его к кон­флик­ту с мит­ро­по­ли­том Ки­при­а­ном (1378−1381), в ходе ко­то­ро­го по­след­ний на­ло­жил ана­фе­му на князя.

В 1439 г. на Фло­рен­тий­ском со­бо­ре была за­клю­че­на уния между пра­во­слав­ной и ка­то­ли­че­ской церк­вя­ми под гла­вен­ством папы рим­ско­го. Мит­ро­по­лит Ис­и­дор, став­лен­ник кон­стан­ти­но­поль­ско­го пат­ри­ар­ха, так же под­пи­сал унию. Од­на­ко по воз­вра­ще­нии в 1441 г. на Русь за под­держ­ку унии он был аре­сто­ван и низ­ло­жен Ва­си­ли­ем II Тем­ным. Через семь лет собор рус­ских епи­ско­пов из­брал но­во­го мит­ро­по­ли­та  — ря­зан­ско­го епи­ско­па Иону, став­лен­ни­ка мос­ков­ско­го князя. С 1453 г. после па­де­ния Кон­стан­ти­но­по­ля, право вы­бо­ра рус­ско­го мит­ро­по­ли­та окон­ча­тель­но пе­ре­шло к епи­ско­па­ту на Руси. Так на­ча­лась ав­то­ке­фа­лия рус­ской церк­ви и власть мос­ков­ско­го князя в цер­ков­ных во­про­сах еще более воз­рос­ла. Но с дру­гой сто­ро­ны, цер­ковь, об­ла­дав­шая зна­чи­тель­ным вли­я­ни­ем и соб­ствен­но­стью, пы­та­лась кон­тро­ли­ро­вать свет­скую власть, пре­се­кая ее вме­ша­тель­ство в

свою де­я­тель­ность.

Пик про­ти­во­сто­я­ние цер­ков­ной и кня­же­ской вла­сти при­шел­ся на рубеж XV−XVI вв. Ве­ли­кий князь Иван III был за­ин­те­ре­со­ван в при­сво­е­нии зе­мель­ной соб­ствен­но­сти мо­на­сты­рей, не­об­хо­ди­мой в т. ч. для зе­мель­ных по­жа­ло­ва­ний «слу­жи­лым людям», по­это­му в цер­ков­ных дис­кус­си­ях, ко­то­рые раз­го­ре­лись в эту эпоху, он пер­во­на­чаль­но под­дер­жи­ва­ет точки зре­ния т. н. «не­с­тя­жа­те­лей». Идео­ло­гом не­с­тя­же­тель­ства был Нил

Сор­ский, ко­то­рый про­по­ве­до­вал стро­гое ис­пол­не­ние цер­ков­ных пра­вил и об­ря­дов, ас­ке­ти­че­ский об­ра­за жизни и отказ от мир­ских удо­воль­ствий. От­сю­да Нил при­шел к вы­во­ду о вреде мо­на­стыр­ско­го круп­но­го зем­ле­вла­де­ния и счи­тал воз­мож­ной его лик­ви­да­цию. На цер­ков­ном со­бо­ре 1503 г. не­с­тя­жа­те­ли вы­ска­за­ли тре­бо­ва­ния: «чтобы у

мо­на­сты­рей сел не было, а жили бы чер­нь­цы по пу­сты­ням, а кор­ми­ли бы ся ру­ко­де­льем».

Про­тив­ни­ки не­с­тя­жа­те­лей на­ста­и­ва­ли на не­об­хо­ди­мо­сти цер­ков­ной соб­ствен­но­сти, по­сколь­ку «цер­ковь бо­га­тая» могла успеш­но вы­пол­нять функ­ции про­вод­ни­ка хри­сти­ан­ской веры и за­щи­щать «бед­ных и сирых». Они также тре­бо­ва­ли не­вме­ша­тель­ства свет­ской вла­сти в цер­ков­ные дела, до­би­ва­ясь силь­ной, бо­га­той и не­за­ви­си­мой церк­ви,

за­ни­ма­ю­щей вы­со­кое по­ло­же­ние в по­ли­ти­че­ской жизни го­су­дар­ства. Во главе этого на­прав­ле­ния стоял на­сто­я­тель Во­лоц­ко­го мо­на­сты­ря Иосиф, по­это­му сто­рон­ни­ки этой опо­зи­ции на­зы­ва­лись «иоси­ф­ля­не» («оси­ф­ля­не»).

Борь­ба между не­с­тя­жа­те­ля­ми и иоси­ф­ля­на­ми про­дол­жа­лась до се­ре­ди­ны XVI в. Пре­сле­дуя свои ин­те­ре­сы, ве­ли­ко­кня­же­ская власть пер­во­на­чаль­но под­дер­жи­ва­ла не­с­тя­жа­те­лей. В 1503 г. на цер­ков­ном со­бо­ре по ини­ци­а­ти­ве Ивана III был по­став­лен во­прос об от­ка­зе церк­ви от зем­ле­вла­де­ний. Од­на­ко церк­ви уда­лось от­сто­ять свое иму­ще­ство, а не­с­тя­жа­те­ли по­тер­пе­ли по­ра­же­ние. В пер­вые годы сво­е­го прав­ле­ния Ва­си­лий III еще под­дер­жи­вал не­с­тя­жа­те­лей, в том числе по­кро­ви­тель­ство­вал Мак­си­му Греку, уче­ней­ше­му пред­ста­ви­те­лю этого те­че­ния. Од­на­ко за­ин­те­ре­со­ван­ный в под­держ­ке цер­ков­но­го боль­шин­ства ве­ли­кий князь берет сто­ро­ну Иоси­фа Во­лоц­ко­го и борь­ба про­тив «не­с­тя­жа­те­лей» при­об­ре­та­ет более ре­ши­тель­ный ха­рак­тер. Ли­де­ры не­с­тя­жа­те­лей были

осуж­де­ны и под­верг­лись на­ка­за­ни­ям: бо­ярин Бер­сень-Бекле­ми­шев (1525), бо­го­слов Мак­сим Грек (1525, 1531), князь Вас­си­ан Пат­ри­ке­ев (1531).

В се­ре­ди­не XVI в. го­су­дар­ство вновь пред­при­ня­ло на­ступ­ле­ние на цер­ков­ные вла­де­ния. На Сто­гла­вом со­бо­ре (1551) было за­пре­ще­но мо­на­сты­рям при­ни­мать в дар земли без одоб­ре­ния царя, а на со­бо­ре 1580 г. мо­на­сты­рям было ве­ле­но вер­нуть земли, от­дан­ные на помин души. Од­на­ко, цер­ков­ная соб­ствен­ность про­дол­жа­ла уве­ли­чи­вать­ся,

ис­то­ри­ки по­ла­га­ют что в XVII веке церк­ви при­над­ле­жа­ла 1/3 всей тер­ри­то­рии Мос­ков­ско­го го­су­дар­ства.

В тоже время уси­ли­ва­ет­ся вме­ша­тель­ство са­мо­держ­ца в цер­ков­ные дела, от­кры­тое вы­ступ­ле­ние мит­ро­по­ли­та Фи­лип­па II (Фе­до­ра Ко­лы­че­ва) про­тив оприч­ной по­ли­ти­ки Ивана IV при­ве­ло к его сме­ще­нию и убий­ству (1568−1569).

Пы­та­ясь по­вы­сить ав­то­ри­тет рус­ской церк­ви, пра­ви­тель­ство Фе­до­ра Иоан­но­ви­ча до­би­ва­ет­ся учре­жде­ние мос­ков­ско­го пат­ри­ар­ха­та (1589).